V prvi vrsti je ena največjih pomanjkljivosti 3D tiskanja cena. Začetna naložba v tehnologijo 3D-tiskanja je lahko precej visoka, zlasti pri tiskalnikih višjega cenovnega razreda. Poleg tega so lahko dragi tudi stroški materialov, uporabljenih pri 3D-tiskanju. Za domače uporabnike lahko zaradi tega 3D-tiskanje postane manj kot cenovno dostopen hobi.
Druga velika pomanjkljivost je hitrost 3D tiskanja. V primerjavi s tradicionalnimi proizvodnimi metodami je lahko 3D-tiskanje počasen proces. To še posebej velja za večje in kompleksnejše modele. Ta počasna hitrost tiskanja lahko povzroči daljše dobavne roke in zakasnjene proizvodne načrte.
Tretja pomanjkljivost 3D-tiskanja je omejen izbor materialov, ki jih je mogoče uporabiti. Čeprav je prišlo do znatnega napredka pri vrstah materialov, ki jih je mogoče uporabiti pri 3D-tiskanju, je obseg razpoložljivih materialov še vedno veliko bolj omejen od tradicionalnih proizvodnih metod. Za nekatere aplikacije, kot so izdelki, ki zahtevajo visoko trdnost ali temperaturno odpornost, 3D-tiskanje morda ni najboljša možnost.
Skratka, čeprav ima 3D tiskanje številne prednosti, ni brez pomanjkljivosti. Cena, hitrost, omejen izbor materialov in morebitna zdravstvena tveganja so dejavniki, ki jih je treba upoštevati pri izbiri 3D tiskanja kot proizvodne metode. Podjetja in posamezniki morajo pretehtati prednosti in slabosti 3D-tiskanja, da ugotovijo, ali je to najboljša možnost za njihove potrebe.
